Gặp lúc Dương Châu thứ sử Lưu Đào mất (311 [4]), Tư Mã Duệ lấy Đôn làm Dương Châu thứ sử, gia Quảng vũ tướng quân. Ít lâu sau Đôn được tiến làm Tả tướng quân, Đô đốc chinh thảo chư quân sự, Giả tiết. Ít lâu sau Đôn cùng bọn Cam Trác đánh dẹp Giang Châu thứ sử Hoa Dật (cháu họ của Hoa Hâm), chém ông ta.[2][9]

Năm thứ 6 (312 [4]), người gốc Thục là Đỗ Thao khởi nghĩa, Kinh Châu thứ sử Vương Trừng sợ hãi muốn chạy, Nguyên đế biết được, bèn triệu Trừng về làm Quân tư tế tửu, lấy Quân tư tế tửu Chu Nghĩ thay thế. Nhưng Chu Nghĩ vừa đến châu thì đã lui chạy, Đôn sai bọn Vũ Xương thái thú Đào Khản, Dự Chương thái thú Chu Phóng đánh dẹp, còn mình tiến giữ Dự Chương, làm hậu viện cho chư quân. Vương Trừng cho rằng tài năng của mình hơn hẳn Đôn, thanh danh cũng vượt trên ông, nên tỏ ra khinh nhờn. Đôn giận, vu cáo Trừng tư thông với Đỗ Thao, rồi sai tráng sĩ chẹn đường giết ông ta.[10] Thủ lãnh lưu dân Quan Trung là Vương Như bị dồn vào đường cùng, đành xin hàng Đôn; em họ của ông (tòng đệ) là Vương Lăng yêu thích dũng lực của Vương Như, xin lấy hắn ta làm thủ hạ.[11][12] Đến khi Khản phá được Thao, Đôn tiến cử Khản làm Kinh Châu thứ sử. Sau đó Khản bị thủ lãnh nghĩa quân ở Kinh Châu là Đỗ Tăng đánh bại, Đôn nhận mình sắp xếp sai lầm, tự biếm làm Quảng vũ tướng quân, Tư Mã Duệ không đồng ý. Xét công diệt Thao, Đôn có danh nghĩa là nguyên soái nên được tiến làm Trấn đông đại tướng quân, Khai phủ nghi đồng tam tư, gia Đô đốc Giang Dương Kinh Tương Giao Quảng 6 châu chư quân sự, Giang Châu thứ sử, phong Hán An hầu. Như thế Đôn bắt đầu được tự chọn quan thuộc, nắm quyền ở châu quận. Ít lâu sau bộ tướng của Đỗ Thao là Đỗ Hoằng chạy đi Quảng Châu, xin đánh nghĩa quân ở Quế Lâm để chuộc tội; Đôn đồng ý. Nhưng Hoằng bị Khản chặn lối, bèn đến hàng Linh Lăng thái thú Doãn Phụng, Phụng đưa Hoằng đến gặp Đôn; ông lấy hắn làm tướng, đãi ngộ hậu hĩ. Còn có người Nam Khang là Hà Khâm chiếm cứ nơi hiểm yếu, tụ tập mấy ngàn người, Đôn gia chức cho hắn làm Tứ phẩm tướng quân. Từ ấy hành vi chuyên quyền của Đôn ngày càng rõ rệt.[2][13]

Tư Mã Duệ lên ngôi (317 [4]), tức là Tấn Nguyên đế, Đôn lại được thăng làm Chinh nam đại tướng quân, Khai phủ như cũ. Nhà Đông Tấn ổn định ở Giang Đông, Đôn được bái làm Thị trung, Đại tướng quân, Giang Châu mục. Đôn sai bộ tướng Chu Quỹ, Triệu Dụ đánh dẹp Đỗ Tăng, nhưng họ bị Tăng giết chết; Đôn tự biếm, chịu miễn chức thị trung, còn từ chối chức Mục không bái. Ít lâu sau triều đình gia Đôn làm Kinh Châu mục; ông dâng sớ từ chối chức Mục, đế giáng chiếu vỗ về, không đồng ý. Đôn lại cố từ chức Mục, xin làm Thứ sử.[2][14]